El cierre de la década se completa con un subcampeonato en el torneo de la Copa Federación en su edición de 1999, en la que cae en la final frente al Real Racing Club de Santander “B” con resultado de 3-0 en la ciudad cántabra y 0-0 en el Ángel Carro. Posteriormente en la fase denominada hexagonal, se encuadra en el grupo A donde finaliza 4° lugar con 10 puntos, permitiéndole disputar la ronda de cuarto de final, en la misma enfrenta a Club Deportivo FAS donde cae eliminado en un global de 3-2 (0-1 ida/ 2-2 vuelta); Para el Clausura 2021 finaliza penúltimo en Fase preliminar, posteriormente ya encuadrado en el grupo B en ronda hexagonal finaliza último con solo 4 puntos, no pudiendo avanzar a la siguiente fase.