En julio de 1937, al año de iniciarse la guerra, tres antiguos directivos del Donostia FC, los señores Francisco Molins, camiseta real madrid José Merino y José María Lobato tomaron la iniciativa de recuperar la actividad del club deportivo y convocaron una junta general a la que tan solo acudió un socio. Durante 1938 el club juega un torneo regional semi-oficial, el Torneo Brigadas de Navarra, que le enfrenta a otros equipos del País Vasco, Navarra y regiones limítrofes, en el que el todavía Donostia FC no obtuvo grandes resultados.